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医院现有国家临床重点学科和专科建设项目21个，其中国家临床重点专科（中医类别）1个，国家中医药管理局“十二五”重点专科3个、重点学科2个，陕西省中医药重点专科9个、重点学科2个，咸阳市重点专科4个。
医院现设有陕西中医药大学心脑血管病研究所以及心血管病研究室、缺血性脑血管病研究室、中西医结合肿瘤研究室、中西医结合妇科病研究室、中西医结合肾病研究室、血液病临床研究室、妇科微创研究室、糖尿病及其并发症研究室等8个研究室；年，咸阳市批准了中西医结合防治心血管病证技术、中西医结合疾病复查与健康管理科技、血液系统重大疾病发病机制及诊疗技术、个体化用药及基因检测技术等4个市级科研创新团队。近5年来，医院承担各级科研项目余项，获省部级科学技术奖6项，市厅级科学技术奖20余项，发表学术论文余篇，其中SCI收录10余篇，申请批准国家专利20余件，出版专著和教材60余部。
陕西中医药大学第二临床医学院是在整合陕西中医院和临床医学系医学一级学科建设资源的基础上，成立于年，现有教研室8个，临床教师人；在校学生0余名，研究生余名。年-年连续三年在全国高等医学院校临床技能竞赛中荣获西北西南分区赛二等奖、特等奖，全国总决赛二等奖、一等奖。
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